Geen (overheids-)organisatie staat op zichzelf. Het (intensief) samenwerken met andere organisaties, zowel binnen de overheid als met de markt is essentieel voor een efficiënte bedrijfsvoering. Binnen het programma organisatie en samenwerken wordt gewerkt aan projecten die in samenwerking schaalvoordelen opleveren en aan projecten die de randvoorwaarden voor een succesvolle samenwerking helpen in te vullen. Te denken valt hier bijvoorbeeld aan een gezamenlijke (ICT-) architectuur.