Op grond van artikel 2.2 van de Omgevingswet zijn bestuursorganen verplicht om bij de uitoefening van hun taken en bevoegdheden rekening te houden met de taken en bevoegdheden van andere bestuursorganen en zo nodig met deze andere bestuursorganen af te stemmen. Ook kunnen bestuursorganen taken en bevoegdheden gezamenlijk uitoefenen. De Omgevingswet gaat uit van integrale regelgeving, voortdurende afstemming en nauwe samenwerking. De verwachting is dat hierdoor minder conflicten zullen ontstaan in regelgeving tussen bijvoorbeeld de waterschapsverordening en het omgevingsplan van de gemeente. De regels in de waterschapsverordening en in het omgevingsplan kunnen door goede afstemming op voorhand nauw op elkaar worden aangesloten.

Op grond van artikel 2.3 van de Omgevingswet gaat de Omgevingswet uit van het subsidiariteitsbeginsel: decentraal, tenzij. Dat houdt in dat gemeenten en waterschappen als eerste aan zet zijn om de in de Omgevingswet geformuleerde taken en bevoegdheden uit te voeren. Voor het waterschap is dit de functionele zorg voor het waterbeheer en voor de gemeente de algemene zorg voor de fysieke leefomgeving. In artikel 2.3 staat specifiek genoemd wanneer het Rijk of de provincie in plaats van het waterschap of de gemeente wettelijke taken of bevoegdheden kan uitoefenen. Dat is bijvoorbeeld het geval vanwege implementatie van internationale regelgeving. 

Het waterschap en de gemeente staan op gelijke voet en hun regelgeving heeft wederzijdse invloed op elkaar. Afstemming en samenwerking is voor het waterschap dan ook met name van belang waar het de regelgeving van de gemeente betreft. Veel waterschappen hebben te maken met een groot aantal gemeenten binnen hun beheergebied. Dit betekent dat met iedere individuele gemeente afstemming en samenwerking dient plaats te vinden. Waterschappen hebben na de inwerkingtreding van de Omgevingswet twee jaar de tijd om hun waterschapsverordening volledig te laten voldoen aan de eisen van de Omgevingswet, gemeenten hebben echter tot 2029 de tijd om hun omgevingsplan volledig Omgevingswet-proof te maken. Dit betekent dat naast een individuele afstemming per gemeente ook een continue afstemming nodig is. Immers, gemeenten kunnen over een langere periode de regels in hun omgevingsplan aanpassen. Deze wijzigingen kunnen vervolgens weer invloed hebben op de regels in de waterschapsverordening. Deze paragraaf gaat niet over de verticale afstemming met bijvoorbeeld de provincie. Zie voor meer informatie daarover paragraaf 2.3.7 over de provinciale omgevingsverordening.

Verder is van belang dat het waterschap en de gemeente verschillende taken en bevoegdheden hebben waardoor ook verschillende belangen ontstaan. Daar komt bij dat de vergroting van de bestuurlijke afwegingsruimte, zoals deze met de Omgevingswet is beoogd, kan leiden tot meer eigen keuzes van gemeenten en waterschappen op overlappende gebieden, en daarmee tot conflicterende regelgeving. Een voortdurende afstemming tussen het waterschap en de gemeente zal daarom blijvend nodig zijn. Ondanks alle goede inspanningen, zal het niet mogelijk zijn om op voorhand alle conflicterende belangen in goede banen te leiden. Er zullen situaties zijn waarbij de regels uit het omgevingsplan conflicteren met de regels in de waterschapsverordening. Het waterschap stelt bijvoorbeeld regels over steigers met het oog op een goede doorstroming van de watergang. Daarvoor neemt het waterschap een regel op over de minimale afstand tussen twee steigers. Voor de gemeente kan dit echter strijd opleveren met haar regels die zijn gericht op een goede ruimtelijke ordening. De gemeente zou om die reden steigers bijvoorbeeld liever concentreren op één plek.

De Omgevingswet biedt geen wettelijke grondslag om de bovengenoemde conflicterende regelgeving te voorkomen dan wel op te lossen. Het zijn dus vooral de waterschappen en de gemeenten zelf die onderling tot overeenstemming moeten komen bij conflicterende regels.